银行卡持有人的安全意识是影响网上银行安全性的不可忽视的重要因素。目前，我国银行卡持有人安全意识普遍较弱：不注意密码保密，或将密码设为生日等易被猜测的数字。一旦卡号和密码被他人窃取或猜出，用户账号就可能在网上被盗用，例如进行购物消费等，从而造成损失，而银行技术手段对此却无能为力。因此一些银行规定：客户必须持合法证件到银行柜台签约才能使用“网上银行”进行转账支付，以此保障客户的资金安全。
另一种情况是，客户在公用的计算机上使用网上银行，可能会使数字证书等机密资料落入他人之手，从而直接使网上身份识别系统被攻破，网上账户被盗用。
安全性作为网络银行赖以生存和得以发展的核心及基础，从一开始就受到各家银行的极大重视，都采取了有效的技术和业务手段来确保网上银行安全。但安全性和方便性又是互相矛盾的，越安全就意味着申请手续越烦琐，使用操作越复杂，影响了方便性，使客户使用起来感到困难。因此，必须在安全性和方便性上进行权衡。到目前为止，国内网上银行交易额已达数千亿元，银行方还未出现过安全问题，只有个别客户由于保密意识不强而造成资金损失。
