应用指纹进行身份认证已经有很长历史了。据考古学家证实：公元前7000年到6000年以前，指纹作为身份鉴别的工具已经在中国和古叙利亚开始应用，一些粘土陶器上留有陶艺匠人的指纹，一些文件上印有起草者的大拇指指纹，在古城市的房屋留有砖匠的指纹等。由此可见，指纹的一些特征在当时已经被人们认识和接受。
19世纪初，科学研究发现了至今仍然承认的指纹的两个重要特征，一是两个不同手指的指纹纹脊的式样不同，另外一个是指纹纹脊的式样终生不变。也就是这个关于指纹唯一性和不变性的研究成果使得指纹在犯罪事件的鉴别中得以正式应用，1896年阿根迁首次应用，然后是1901年的苏格兰，20世纪初其他国家也相继应用到犯罪事情的鉴别中。
不过，这之前的指纹识别都采用手工的方法，即将指纹卡片存放在指纹库中，需要时在指纹库中人工查找、由指纹专家对比指纹卡。这种方法一方面效率低下，另一方面投入的人力资源太大。
到了20世纪60年代，由于计算机可以有效地处理图形，人们开始着手研究利用计算机来处理指纹。特别是20世纪80年代，个人电脑、光学扫描这两项技术的革新，使得它们作为指纹取像的工具成为现实，从而使指纹识别可以在其他领域中得以应用。随即，自动指纹识别系统（Automated Fingerprint Identification System，简称AFIS）在法律实施方面的研究和应用在世界许多国家展开。
