IIS提供Web权限，如读和写；NTFS也有它的读写权限，两者容易引起混淆。 IIS权限与NTFS权限的关键区别在于：Web权限控制允许对HTTP资源执行的 HTTP命令，NTFS权限控制用户对硬盘资源的访问权限。
系统管理员可以在IIS属性页的Web主目录标签、目录标签或虚拟目录标签中，通过对“读取”及“写入”复选框的选择，设置上述Web权限；而NTFS权限是通过文件系统来设定的。在通过HTTP协议访问系统资源时，如果Web权限和NTFS权限设置不一致， HTTP请求将使用两者中更严格的一个。例如，如果NTFS权限是读，则意味着Web权限也是读；如果NTFS权限是读，即使Web权限是读写，HTTP的写请求也会失败。
