由于磁盘文件格式FAT32与NTFS的不兼容性，在Windows 98操作系统中不借助第三方软件根本找不到NTFS分区，用DOS(或Windows 98)启动盘启动系统后仍无法找到NTFS分区，也就不能用Format命令格式化NTFS分区的磁盘。
下面我以一台在C盘装有Windows 98操作系统和在D盘装有Windows 2000 Server操作系统的电脑为例，来说明如何将D盘由NTFS磁盘格式转换成FAT32磁盘格式。俗话说解铃还需系铃人，这里我使用的工具就是当初安装Windows 2000 Server操作系统时的安装光盘，不过此方法不会保留原分区中的数据喔！我的操作如下：
1、在系统启动时，按Del键进入CMOS设置，选择Advanced BIOS Features进入，在“First Boot Device”中选择CD-ROM，从光盘引导。在光驱中放入Windows 2000 Server安装光盘，保存退出，重启。
2、当屏幕下方出现“Press any key to boot from cd”时马上按回车，在屏幕下方出现“setup is loading files(…)”。这要花费一段时间。
3、当出现Windows 2000 Server安装程序时，屏幕会有如下选项供你选择：
◎ 要开始安装Windows 2000，请按Enter
◎ 要修复Windows 2000中文版的安装，请按R
◎ 要停止安装Windows 2000并退出安装程序，请按F3
选择第一个选项，按Enter键回车。
4、这时会有一些协议要求你认可。我们应该无条件的接受，按F8键表示我同意。这时屏幕出现的选择项为：
◎ 要修复所选的Windows 2000安装，请按R
◎ 要继续全新安装Windows 2000，请按Esc
我们按Esc，选择继续全新安装。
5、接下来我们要选择安装了Windows 2000 Server 的NTFS磁盘格式的分区，再在选择项目上选择“删除所选磁盘分区，请按D”，按下D后，屏幕上还会跳出选择菜单，我们要义无反顾地选择“要删除此磁盘分区，请按L”。完成后我就取出光盘，重新启动。我到Windows 98桌面上找到刚才进行格式转化的D磁盘，把它格式化就一切OK了。
但是在系统启动时我们还可以看见双系统的启动菜单。为了恢复单系统启动的本来面目，我们要到Windows 98下，在“我的电脑”→“C盘”下找到“Boot.ini”文件，删除“multi(0)disk(0)rdisk(0)partition(2)WINNT=Microsoft Windows 2000 Server/fastdetect”，并将timeout置为0即“timeout=0”。如果没有“Default=c:”，那么还要在“[Operating Systems]”前面加上它。
