不过专家也警告说在用户着手部署虚拟化之前，应该了解这项新的技术可能会涉及不可预期的成本，许可证授权和管理等方面。企业还必须对网络和服务器资源进行升级来最大化的利用虚拟化基础架构。
虚拟化和自动化厂商还同时警告称潜在的虚拟化用户必须非常认真的考虑虚拟化成本和他们希望收回投资的时间。
Parallels公司的首席执行官Serguei Beloussov表示"目前的经济形势为用户施加了无形的压力，他们必须考虑节约虚拟化的总体拥有成本和加快投资回报的速度"。
Beloussov还补充说将服务器，供电，制冷，系统管理和其他IT因素完美结合起来对于发挥虚拟基础架构的有效性方面是至关重要的。"检验虚拟化解决方案的可行性，因为它才能直接转化为成本节约的优势"。
虚拟化技术还会产生许可证授权的问题，厂商，分析师和用户都在抱怨各种软件许可证授权模式导致的复杂性，即使是同一家厂商的许可证也存在类似的问题。
Fujitsu Service公司资深用户解决方案架构师马克.威尔逊就表示，每当提及微软Windows系统在虚拟基础架构上的许可证授权，就要考虑很多问题。
威尔逊强调说Windows Server 2008标准版和随后的版本都包含了运行一种虚拟操作系统环境的授权。Windows Server 2003 R2企业版和随后的版本包括了运行四种虚拟操作系统环境的授权，Windows Vista企业版也是如此。
授权处理
不过Windows Server 2003 R2数据中心版本和随后的版本以及搭载安腾处理器的Windows Server 2008操作系统包括了运行无限数量的虚拟操作系统环境的授权，假若所有的物理处理器都取得了许可证授权，用户就有权使用客户端访问许可证。
运行在虚拟环境中的应用软件通常也能像物理环境一样得到授权，针对虚拟化应用软件的每个处理器授权与虚拟中央处理器数量有关。不过并非所有的厂商对虚拟应用软件的许可证授权都采用同样的方式。
除了费用和许可证授权的问题，虚拟化还存在管理方面的问题。
莫尔斯公司的咨询师汤姆.布兰德解释说"很多企业仍然对虚拟化技术涉及的管理问题一知半解，要知道与虚拟化相关的管理战略和工具远比传统环境复杂的多"。
布兰德表示有62%的英国企业不知道在他们的网络上运行的虚拟机数量。布兰德还补充说企业必须从上到下执行管理战略，对虚拟机的创建，管理和退役都实施严格控制，明晰虚拟环境的管理者。
企业必须制定试验计划来确保这些战略的正确实施，同时还要了解物理机和虚拟机之间的动态关系。
VMWare技术部门的区域总监科林.费希尔也同意说"虚拟化成功的重要障碍来自于管理"。
"在物理环境中运行良好的工具，技术和战略在虚拟化环境未必适用"费希尔表示。费希尔还认为在着手部署虚拟化战略之前，企业必须检查他们该如何管理新的环境，确保他们有适合工作的工具。"有了这些工具，企业才能快速检测和控制虚拟机的蔓延"。
尽管存在这些障碍，但许多企业已经开始从虚拟IT基础架构中获得回报。
虚拟化最引人瞩目的特性之一就是绿色环保。
NCC Group的管理咨询师克里斯.肖表示"选择虚拟化的企业能节约成本，减少温室气体的排放"。
"如果服务器的数量从30台减少到3台，相关的电费支出就从1.1万欧元下降为1000欧元。二氧化碳的排放量也从64.71公吨下降为6.47公吨，相当于每年路上行驶的车辆减少10辆"。
