软件许可。大型服务器有更多的CPU——每个CPU的处理能力均已增强。而这导致了软件许可成本的增加。我刚采访的一家公司说，他们才发现软件许可支出与CPU的数目相关，而公司新硬件的处理能耗也增加了。这两方面成本的增加就抵消了服务器整合所带来的众多财务成本节约，甚至导致了成本比未实施整合时更高。
复杂性。“一台物理服务器=一个应用软件”这一等式每个人都能明白并掌握。然而服务器整合导致这一等式不再成立，而变化成为“一台物理服务器=x个应用软件或者操作系统”。这使得整合后的IT环境成为拥有上百台服务器——而每台服务器有其自身支持的应用软件——的庞杂环境。随着企业服务器整合的开展，他们需要确保对共享服务器处理器、内存和网络带宽管理地顺利进行。
一键失误。没有一家公司愿意考虑人为失误导致系统问题的可能。但是接错电缆，开了错误的交换机或者多按了一个键，诸如此类的人为失误瞬间会使整个系统瘫痪。最有效的灾难恢复计划和快速重建服务器系统的方法是实行服务器托管。
服务器虚拟化和整合很明显节约了成本，同时也对企业IT环境有着众多益处。但是企业同时也应了解服务器虚拟化和整合的缺陷，以便避免问题的发生。
